Inició sus servicios militares en 1841, por la influencia de dos personajes que coincidieron en Jalpan: el general José Urrea, quien le prodigó sus conocimientos en caballería y el joven militar Juan Cano, quien había estudiado en París, Francia, para ingeniero militar y había sido enviado a la Sierra Gorda por el presidente Anastasio Bustamante, buscando pacificar la región.

Concurrió a la batalla de la Angostura, en Coahuila, contra los invasores estadounidenses y, a pesar de la derrota, tuvo una destacada actuación, ya que hizo retroceder en varias ocasiones el avance del ejército invasor.

En 1848 fue ascendido a comandante por su participación en estos combates dirigidos por el General Antonio López de Santa Anna.

En diciembre, el general Ignacio Comonfort asume el cargo de Presidente interino y envía al general Luis Ghilardi a la Sierra Gorda, quién logra que Mejía y Montes depongan sus acciones militares.

Miguel Miramón en la campaña victoriosa en Jalisco y Colima y recibe la misión de reclutar un ejército que fuera capaz de detener la marcha del general Jesús González Ortega.

El general Tomás Mejía se refugia en la Sierra Gorda a finales de ese infortunado año.

Por su antigüedad, Márquez es reconocido como la cabeza del llamado "Ejército Libertador", que con dos mil hombres pretendía defender al ya extinto gobierno conservador.

Intentaron revitalizar la lucha en Querétaro, Guanajuato, San Luis Potosí y Michoacán, entidades de fuerte raigambre católica, pero sin éxito.

Estos acontecimientos hicieron que el General Mejía, adoptara una posición de espera.

Y cuando el ejército francés dominaba gran parte del país, dado que él no estaba muy convencido de luchar junto al ejército invasor francés, aunque finalmente lo hizo.

Pocos días después regresa al frente de guerra, en donde sostuvo muchos combates en el norte del país, pero en Matehuala, San Luis Potosí, en donde recibe la orden de marchar a Matamoros, Tamaulipas, en la frontera con Estados Unidos, sitio que se había convertido en una plaza estratégica tanto para el Imperio como para los Republicanos y la cual ocupó a finales de ese año.

Los confederados tenían inmensas plantaciones de algodón y lo exportaban por dicho puerto marítimo y fronterizo, dado que Abraham Lincoln tenía copados sus puertos en Estados Unidos, dejando esta actividad grandes ganancias al puerto de Matamoros, razón por lo que los imperialistas franceses le pusieron mucha atención a la defensa de la ciudad.

Hizo lo mismo con los fortines que había en las entradas de la ciudad, la salida a Monterrey, Nuevo León; la salida al mar y la que iba al interior del estado.

Las batallas en esa región continuaron hasta la derrota en Santa Gertrudis, en Camargo Tamaulipas, en junio de 1866, a un convoy comercial del ejército imperial, con importantes pertrechos, oro y víveres custodiado por franceses.

Se logró una capitulación honrosa en Matamoros, frente a las tropas republicanas del General Mariano Escobedo.

Su viuda solicitó llevarse el cadáver, pero al carecer de recursos y al estar el difunto bien embalsamado lo tuvo sentado en una silla en la sala de su casa durante tres meses.