Cuando la provincia fue ocupada por los ejércitos federales comandados por Manuel Oribe, éste exigió que todos los dirigentes unitarios le fueran entregados, para enjuiciarlos y posiblemente ejecutarlos.
El gobernador Manuel Antonio Saravia se negó a entregarle varios de ellos, entre los cuales estaba Arias.
Durante la década siguiente continuó siendo legislador provincial, y volvió a ser gobernador delegado en 1847, en reemplazo de José Manuel Saravia, hermano de quien lo había salvado.
Si bien no se consideró políticamente fuerte como para viajar a la firma del Acuerdo de San Nicolás, adhirió posteriormente al mismo.
Si bien el acuerdo fracasó por conflictos políticos, Arias regresó a Salta, donde pasó el resto de su vida.