Entre sus hermanos menores destacaron el militar Faustino Allende y el sacerdote Saturnino Allende.

Pese a ser pariente del coronel Santiago Alejo de Allende, quien apoyó al gobernador de Córdoba Juan Gutiérrez de la Concha y a Santiago de Liniers en su contrarrevolución, Tomás apoyó decididamente al movimiento patriota.

Dado que Jujuy dependía de Salta, Allende declaró cesantes a varios miembros del cabildo jujeño, entre ellos al alcalde de segundo voto Julián Gregorio de Zegada, lo que generó nuevos reclamos populares de autonomía y la designación el 7 de mayo de 1811 de Zegada para que se trasladara a Buenos Aires a plantear el reclamo, que no fue aceptado por la Junta.

Finalmente, debilitada su autoridad en la Junta y comprometido con el partido morenista, dejó el puesto el 11 de julio de 1811 y pasó posteriormente a Buenos Aires.

Convocada la Asamblea General Constituyente del Año 1813 fue designado representante por Córdoba.