Al finalizar la temporada se llevó a cabo una reorganización de la Segunda División que quedó limitada a un grupo y el Tolosa quedó fuera de la categoría.

Tampoco participaría al año siguiente en la recién creada Tercera División Española.

A lo largo de ella, el Tolosa ha oscilado entre la Tercera División y las categorías regionales.

En 2005 recuperó la categoría y esta última temporada de su retorno a la Tercera ha logrado mantenerse en ella.

Por el Tolosa CF han pasado varios jugadores destacados: Juega con camiseta, pantalón y medias azules.