Envió mensajeros a su primo y amigo Lord Butler, hijo del Conde de Ormond, ofreciéndole dividir el reino con él si se unía a su causa, pero Butler rechazó la oferta.

Ordenó (o al menos permitió) la ejecución en Clontarf de John Alen, que había intentado mediar; esto le hizo perder el apoyo del clero.

Según la tradición, los asesinos, John Teeling y Nicholas Wafer, entendieron mal la orden, dada en irlandés, de "sacar a este tipo afuera" como una orden de matar a Alen.

Se retiró a su fortaleza en Maynooth, pero en marzo de 1535 el castillo fue capturado por una fuerza inglesa mandada por Sir William Skeffington mediante soborno, mientras Thomas estaba ausente buscando refuerzos para aliviar el sitio.

Thomas había asumido que su causa atraería un inmenso apoyo, en particular de los católicos opuestos a la Reforma iniciada por Enrique VIII.