[1]​ Impaciente por viajar, partió a México como soldado del emperador Maximiliano.

En 1884, habiendo heredado una pequeña fortuna, decidió volver a América y consagrarse al estudio de las antigüedades mayas.

Una vez en Yucatán, adquirió una casa en el pueblo de Ticul, donde instaló un pequeño estudio fotográfico y aprendió la lengua maya.

En la primera vivió tres meses y documentó el lugar mejor que nadie hasta ese momento.

No obstante, los largos períodos durante los cuales exploraba la selva y era difícil la comunicación, hicieron que el acuerdo con el Instituto Peabody terminara en 1909.

Fue el caso del ex-cónsul estadounidense Edward Herbert Thompson, quien haciéndose pasar por académico interesado en la cultura maya, saqueó durante un tiempo, desde la finca que había comprado, los vestigios del cenote sagrado de Chichén Itzá para vender en su país las piezas que extrajo.

Maler consignó el sitio en sus notas con el nombre de "La Reforma" siendo el primero en darlo a conocer.