Dícese que los Itzáes, fundadores de Chichén Itzá, y más tarde los Xiues que dominaron la región hacia el período posclásico de la cultura maya, lo utilizaban para hacer sacrificios animales y humanos, como tributo a sus dioses.

Existen varios tipos de cenotes: a cielo abierto, semiabiertos y subterráneos o en gruta.

El denominado Xtoloc (en lengua maya, el iguano) y el conocido por el cenote sagrado.

Esto, en el siglo XIX, despertó la codicia de Edward Herbert Thompson quien se hizo nombrar cónsul de los Estados Unidos en Mérida, compró la hacienda Chichén Itzá en 1893 e instaló una draga en 1904 en la orilla del cenote.

[1]​[5]​ Dos dragados adicionales se han hecho desde entonces, el primero de los cuales por la Sociedad Mexicana de Geografía e Historia,[6]​ con magros resultados y el segundo, mucho más completo y fructífero, por varias dependencias del gobierno mexicano, encabezadas por el Instituto Nacional de Antropología e Historia.