[4]​ Pedrarias fue remplazado en la gobernación en mayo de 1526[9]​[10]​ por Pedro Gutiérrez de los Ríos y Aguayo,[7]​[a]​ quien al iniciarle juicio de residencia a Pedrarias, este debió abandonar el territorio nicaragüense y viajar a la Ciudad de Panamá para responder a los cargos que se lo acusaba.

[4]​[9]​ El nuevo gobernador también intentó adquirir los derechos en esas regiones pero solo lo logró en la villa de Bruselas ya que la ciudad de León estaba obedeciendo la autoridad del gobernador del territorio hondureño.

[9]​ Diego López de Salcedo y Rodríguez, gobernador de Higueras y Honduras,[6]​ a finales del mismo año intentó apoderarse ilegalmente del mando del territorio nicaragüense,[9]​ y aprovechando que Pedro de los Ríos tuviera que comparecer en Panamá,[11]​ Salcedo dispuso nuevamente que se despoblase la villa de Bruselas por el apoyo que habían dado sus vecinos al nuevo gobernador de Castilla del Oro o de Panamá.

[11]​ De esta manera, a finales del citado año la mayoría de los habitantes abandonaron sus casas,[7]​ excepto el capitán Garabito y sus amigos.

Hacia 1544 se había erigido la parroquia de Nicoya —siendo la más antigua establecida por los españoles en el actual territorio costarricense— dedicada a san Blas, y finalmente en 1554, el territorio fue separado y convertido en la alcaldía mayor de Nicoya que al ser restauradas las gobernaciones pasó a la provincia de Costa Rica en 1573 hasta que en el año 1786 se la reincorporaría a la provincia de Nicaragua.