Su construcción inició en 1668 y finalizó en 1692, mandado a construir con un estilo barroco novohispano por el fray Antonio de Avellaneda.
El templo es catalogado como monumento histórico por el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) para su preservación.
La estación del Ferrocarril Central Mexicano de la ciudad se edificó en sus terrenos.
El arzobispo José Garibi Rivera ofició la consagración del templo nuevamente construido en 1958.
Como el mandato de Enrique Peña Nieto ya iba a terminar, hubo mucha preocupación que la SCT no hiciera ningún esfuerzo en arreglar los problemas.