El hospital recibió el nombre de San Cristóbal no por el santo, sino por su fundador don Cristóbal, no obstante hay en su atrio una imagen de este santo cargando al niño Jesús.

Al principio solo fue una capilla hasta 1666 o 1676 que empezó edificarse siendo construida por el arquitecto Carlos García Durango y costeada por Francisco Guadalajara y el alguacil mayor de Puebla, Alonso Raboso quien murió a causa de la peste en 1680.

El templo fue consagrado, según Veytia a la Purísima Concepción de la Virgen y es a esta advocación la que se refiere la inscripción latina hallada en la clave del arco de la portada en una lápida oval, que reza: "Concepciotva dei genitrix Virgo gavdivm Annvnciavit Vniverso Mvundo Ex Te Enim Ortvs" (est sol iustitiae, Christus Deus noster) cuya traducción en castellano es: "Tu concepción Madre de Dios, anuncio alegría al mundo entero.

La nave principal está cubierta por cinco bóvedas de arista que poseen vanos rectangulares y una cúpula semiesférica situada en el crucero ornada en azulejos amarillos y azules que descanza sobre un tambor octagonal, el cual está coronado por una linternilla igualmente octagonal ricamente decorado.

Por su originalidad arquitectónica y decorativa, el Templo de San Cristóbal marcó un hito en la desarrollo del arte novohispano sirviendo como ejemplo a seguir para la posterior decoración de muchos otros templos erigidos en la región de Puebla y Tlaxcala y sin duda influyó a quienes diseñaron la soberbia Capilla del Rosario que fue consagrada tres años después.