Su construcción inició en 1574 y finalizó en 1674, mandado a construir con un estilo barroco por Pedro del Toro.

El templo es catalogado como monumento histórico por el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) para su preservación.

Se dice que este acontecimiento causó la muerte repentina del obispo Pedro de Ayala.

Los conventos agustinos típicamente se construían con sus fachadas hacia al oeste, sin embargo en el convento de Guadalajara la fachada del templo está hacia el norte.

La antigua plaza mayor prácticamente desapareció cuando se erigió el Teatro Degollado sobre ella, de cierta manera opacando el templo.