Durante esta etapa se hicieron cargo del Protectorado Católico, que había sido fundado por el presidente García Moreno unas décadas atrás[10][11].
Tres años después, en 1899, el padre Guido Rocca regresó al país y los proyectos salesianos cobraron nuevo impulso[6].
La iglesia está construida en ladrillo, adobe, piedra y algunos refuerzos metálicos que ayudan a mantener la integridad de su estructura[8].
Debido a las estrechas dimensiones del templo, este carece de un verdadero crucero.
De esta manera las columnas que delimitan las capillas están adosadas a las paredes y al mismo tiempo sostienen la cúpula.