Así se formó el equipo de investigación prehistórica Aranzadi-Barandiarán-Eguren que tantas prospecciones, excavaciones e investigaciones llevaron a cabo durante los veinte años siguientes, hasta que la guerra del 36 les dispersó.
Durante esta época previa a la guerra civil se unió a este grupo un jovencísimo Julio Caro Baroja al que Barandiarán y Aranzadi acogieron durante varias vacaciones veraniegas del joven Julio; llevando a cabo diversas actividades arqueológicas en la zona de las Encartaciones primero y, posteriormente, en la zona guipuzcoana de Icíar.
[4] Su producción escrita supera el número de trescientas publicaciones, entre libros, artículos y otras.
En noviembre de 1907 un alumno suyo publicó en La Publicidad un duro artículo en el que acusaba al catedrático de excesivo rigor y poco respeto hacia sus estudiantes.
El Rectorado le abrió un expediente a raíz de estas denuncias y fue suspendido temporalmente como decano.
Aranzadi recurrió la decisión del Consejo, mientras los estudiantes pidieron formalmente su traslado a otra universidad.