Tres años después su Teoría del Órgano referida al emperador de Japón, según la cual éste no estaba por encima del Estado sino que era un órgano del mismo, fue atacada por los sectores ultranacionalistas y militaristas que consiguieron que fuera condenada y que Minobe fuera obligado a abandonar su cátedra de Derecho Constitucional de la Universidad de Tokio.
La que sería conocida como «Teoría del Órgano» la publicó en 1912.
Al principio la teoría no suscitó ninguna controversia pero en la década de 1930, en la que se produjo el auge del ultranacionalismo y del militarismo japonés, fue objeto de duros ataques.
[1] Uno de los grupos que más destacaron en sus ataques a Minobe fue el Kodoha (Facción del Camino Imperial), una facción del Ejército Imperial Japonés integrada por oficiales ultranacionalistas encabezados por los generales Sadao Araki y Jinzaburo Mazaki, que creían en la supremacia de los soldados japoneses, impregnados del «poder espiritual», del espíritu Yamato, y que propugnaban la violencia para derribar el orden establecido.
Asimismo se destacaban las virtudes de lealtad, patriotismo, amor filial, armonía, espíritu nacional (kokutai) y bushido (el código de los guerreros samuráis), y se condenaba el individualismo occidental, origen de movimientos indeseables, como la democracia, el socialismo y el comunismo.