Su pintura exhibe una cualidad contradictoria con el estilo de su época: una tendencia al naturalismo descriptivo que aparece dentro de su estilización manierista.El naturalismo es un componente importante en el complejo global de su arte; este representa el nexo que supo efectuar entre el manierismo y las exigencias que la incipiente reforma católica demandaba.Su tendencia preanuncia el barroco de los Carracci.Sus obras más importantes son una Crucifixión (1553-1556), en la Capilla Mattei de Santa María de la Consolación; la Conversión de San Pablo (1563); Cristo muerto sostenido por ángeles (1564-1565); la decoración de la sala del Fasti (1565); El Concilio de Trento (1565), obra de valor mayormente histórico.Al morir en 1566 su hermano y discípulo Federico Zuccaro será el encargado de terminar los compromisos que este dejó, especialmente en Roma.