La producción es la cuarta película realizada de la saga y la primera en crearse mediante CGI.
El filme cuenta con las voces de Nolan North, James Arnold Taylor, Mikey Kelley, Mitchell Whitfield, Chris Evans, Sarah Michelle Gellar, Kevin Smith, Patrick Stewart, Zhang Ziyi y Laurence Fishburne como narrador.
[4][5] Las cuatro Tortugas Ninja (Raphael, Leonardo, Donatello y Michelangelo) deciden separarse y seguir cada uno su camino tras derrotar a Shredder, sin embargo vuelven a reunirse cuando misteriosas criaturas acechan Nueva York.
Por otro lado, Winters, el cual resulta ser Yoatl contrata a Karai y al Clan Foot para que inicien la búsqueda de las trece criaturas.
En el año 2000 anunciaron que iban a realizar la cuarta dirigida por John Woo.
Munroe declaró que quería una versión digitalizada de las Tortugas ninja en lugar de recurrir al rodaje en imagen real para darle más realismo a la historia y que conectara con el público.
El director de animatica Kim Ooi explicó que con el CGI podían estilizar los movimientos y adaptarlos al formato en imagen real.
El elenco también cuenta con la participación de Mike Kelley (del primer videojuego) y James Arnold.
[14] Munroe habló sobre una posible secuela: La película alcanzó el primer puesto de la taquilla estadounidense tras su estreno superando a 300, (la cual llevaba dos semanas) y otras producciones como The Last Mimzy, Shooter, Pride, The Hills Have Eyes 2 y Reign Over Me.
[18] Claudia Puig del USA Today comentó en una crítica más negativa que "el director buscaba dar una pincelada nueva a la película, pero de una manera muy rebuscada en la que intentan lucirse desde el título hasta un guion mundano y un argumento infantil".
[22] Stephen Hunter del The Washington Post comentó de manera favorable el argumento y declaró que la película se dejaba ver.
[23] Según Steve Rea del The Philadelphia Inquirer, hace hincapié en la carencia de tonos "oscuros" o escenas que puedan aterrar al público infantil, por lo que recomienda esta película a los pequeños.
También comentó los efectos visuales y de sonido con los que [dijo] los niños se sentirán atraídos".