El niño llevaba una pecera con sus mascotas recién compradas pero otro niño lo empuja por accidente para salvar a un invidente de ser arrollado por un camión que a la vez deja caer al alcantarillado un frasco con un líquido radioactivo desarrollado en secreto por la raza alienígena Ultrom, la pecera se rompe y las cuatro tortugas caen a la alcantarilla junto con el líquido que los cubre por completo; en ese instante una pequeña rata de nombre Splinter las encuentra y las recoge en una lata de café, que coloca a un lado de su madriguera.

El líquido Ultrom poseía capacidades mutagénicas por lo que al exponerse al mutágeno, Donatello y todos los que tuvieron contacto con el líquido empezaron a sufrir una aceleración evolutiva.

Splinter encuentra a las tortugas y ve que el líquido los hizo crecer el doble de su tamaño original (Splinter también mutaba) y con el tiempo desarrollaban su inteligencia por lo que Splinter decide entrenarlas como ninjas para que, en un futuro, vengaran la muerte de su maestro Hamato Yoshi.

Durante la serie "Apritello" que es el shipeo principal de la serie, si así se le puede decir, ya que sus hermanos no estarán solos por mucho tiempo, comparten lindos momentos llegando a volverse muy cercanos, sobre todo en las últimas temporadas.

Donatello es uno de los principales personajes jugables en Teenage Mutant Ninja Turtles: Out of the Shadows, donde Yuri Lowenthal lo expresa.