Entre las actividades que organizan destaca especialmente la celebración cada cuatro años, desde 1988, del Congreso General de Historia de Navarra como lugar de encuentro donde exponer y comunicar el statu quo y los avances de la investigación científica sobre los temas relacionados con su objetivo.

[1]​ En aquella reunión se votó la lista única presentada saliendo Juan José Sayas (presidente), Ángel Martín Duque (vicepresidente), Araceli Martínez-Peñuela (secretaria), Carmen Jusué (tesorera) así como nueve vocales: Mª Carmen Lacarra, Mª Ángeles Mezquíriz, Carlos Idoate, Mª Amor Beguiristáin, Carmen Orcástegui, Alfredo Floristán, José Andrés Gallego, Juan Jesús Virto e Ignacio Arana.

La primera tarea encomendada a esta junta fue la organización, a dos años vista, del II Congreso General de Historia de Navarra para la última semana de septiembre.

[3]​ En 2013, con ocasión de sus 25 años, según informaba a los medios, contaba con 174 socios.

Su finalidad es «dar a conocer las nuevas líneas de investigación, así como los avances en las distintas áreas de conocimiento en relación con la historia de Navarra.» Hasta la fecha se han celebrado nueve congresos, organizados por esta sociedad, salvo el primero que fue organizado directamente por la Institución Príncipe de Viana: 1 de octubre