En la pared oriental se encuentra el antiguo Hejal de 1691 diseñado al estilo barroco temprano muy estilizado con símbolos bíblicos, dos menorás a ambos lados del Aron y una inscripción tallada en una placa ornamentada en el tímpano.
La sinagoga Alta tuvo desde el principio acceso al Ayuntamiento Judío desde su planta superior, por lo que habrá servido para reuniones del Consejo de Ancianos y es posible que sirviera también para el tribunal rabínico (Bet-Din) de la ciudad.
Poco después de su inauguración, el edificio sufrió un incendio, siendo restaurado en 1691, estrenando un nuevo Hejal.
En 1907 se llevaron a cabo obras de renovación del barrio judío, en cuyo marco la sinagoga se unió al edificio a su este, permitiendo la reubicación de la entrada principal en el lado opuesto, dando a la calle Cervená que la separa de la sinagoga Vieja-Nueva.
Durante la Segunda Guerra Mundial, el mobiliario original de la sinagoga fue gravemente dañado.
En 1994, tras la desintegración de Checoslovaquia, la comunidad judía recuperó la sinagoga para sus servicios, llevando a cabo una reforma que permitiría a partir de entonces la celebración de servicios diarios y el uso del edificio como espacio comunitario y para eventos, como bodas, circuncisiones y reuniones en días festivos.