Con formación en escultura en la Universidad de Tokio y posteriormente en la New York University y en la New School of Social Research, en Nueva York Kubota desarrolla sus primeras obras a partir de los años sesenta, que incluyen vídeos, performances y videoesculturas que se presentan en galerías.

Entre las performances de Kubota, se destaca “Vagina Paiting” (1965), presentada en el contexto del “Perpetual Fluxus Festival”, en la Cinemateque, Nueva York.

Kubota estuvo casada con el vídeo artista coreano Nam June Paik, pero su obra fue eclipsada por la relevante figura de este.

Es participante activa del Movimiento Fluxus en los años sesenta, influenciada sobre todo por las ideas de Marcel Duchamp y John Cage, a los que dedica el vídeo “Marcel Duchamp y John Cage” (1972) y la videoescultura “Duchampiana: Nude Descending a Staircase” (1976).

En 1972 organiza junto con las artistas Charlotte Moorman, Susan Milano y Steina Vasulka, entre otras, el primer festival de vídeo femenino, en el espacio The Kitchen, en Nueva York.