Son famosos por su exclusiva utilización de referencias, guiños, gags y el vanguardismo cinematográfico utilizados principalmente en series como Monogatari, Hidamari Sketch, Maria † Holic, Sangatsu no Lion,Puella Magi Madoka Magica, Sayonara Zetsubō Sensei, Mekaku City Actors, y Nisekoi.[8] En 1995, el estudio pasó a producir series de larga duración, comenzando con Juuni Senshi Bakuretsu Eto Ranger.[1] Después de ver The SoulTaker (2001) y Le Portrait de Petit Cossette (2004), ambas obras dirigidas por Akiyuki Shinbo, Kubota decidió que quería trabajar con Shinbo para crear una marca única e identificable para el estudio.[15] En octubre de 2004, el estudio animó su primera producción con Shinbo como director, Tsukuyomi: Moon Phase,[16] y él comenzó a trabajar como director ejecutivo y mentor del personal del estudio.[3] La última coproducción de Shaft con Gainax se produjo en 2005 con Kore ga Watashi no Goshūjin-sama.[17] El mismo año vio la primera producción animada bajo la influencia del "Equipo Shinbo", un trío de directores formado por Shinbo, Shin Ōnuma y Tatsuya Oishi, quienes jugaron un papel vital en las primeras decisiones estilísticas del estudio.[3][18] Los siguientes dos años también vieron el lanzamiento de REC (2006) y Kino no Tabi -the Beautiful World- (2007).En 2009, Shinbo y Oishi dirigieron Bakemonogatari, que luego se caracterizó como un sello distintivo de la estética única del estudio.[25] Después de Bakemonogatari, el estudio produjo otro éxito crítico y financiero dos años más tarde con Puella Magi Madoka Magica.[30] Itamura y Shinbo produjeron una temporada posterior de Monogatari cada año hasta Zoku Owarimonogatari (2018), que es la única temporada de Monogatari que presenta a Shinbo como único director.Por un lado, 2015 fue el año en que Shaft se reorganizó de yūgen-gaisha a kabushiki-gaisha.[41] El segundo y último proyecto del año de Shaft, Assault Lily Bouquet, también fue la primera vez desde 2007 que Shinbo no se involucró por completo en uno de los principales proyectos del estudio.
