Pérez debutó en la Primera División Mexicana en el torneo de Clausura 2005 con el equipo Puebla FC en la Liga de Ascenso en la cual fue Campeón en dos ocasiones.
Vivió el regreso del Puebla a la Primera División Mexicana y fue uno de los jugadores que retuvo la directiva.
En el 2009 fue transferido a Club de Fútbol Monterrey y debutó en el Torneo Bicentenario 2010 en el cual llegó a ser con el equipo el superlíder general.
En el Draft Apertura 2013 va a Préstamo por 1 año a Atlante siendo su cuarto club en sus 8 años de carrera como futbolista.
En el Draft Clausura 2015, el Club Puebla anuncia el traspaso del Cherokee en compra definitiva por 2 millones de dólares.