Gamarra gobernaba ya el Perú desde fines de 1838, como presidente provisorio, en plena guerra contra la Confederación Perú-Boliviana, y en tal condición, convocó a un Congreso que se reunió en Huancayo en 1839.

Santa Cruz abandonó Lima y partió a Arequipa; luego se embarcó en Islay, rumbo al Ecuador.

La intromisión de los bolivianos en la vida política peruana había constituido un grave peligro para la integridad del Perú.

Pero ese peligro aún no había desaparecido, pues Santa Cruz, desterrado en Ecuador, seguía conspirando para recobrar el poder en Bolivia.

Si bien era improbable que lograra reconstituir la Confederación, Santa Cruz tenía un plan mínimo: anexar el sur peruano a Bolivia.

Una vez solucionado en parte este asunto, las tropas chilenas reiniciaron el retorno a su país.

No podía ser en Lima, pues allí se hallaba todavía el ejército chileno, en víspera de repatriarse.

La ciudadanía se suspendía al deudor quebrado, y podía perderse por levantarse en armas contra la autoridad legítimamente constituida.

[23]​ En Puno, tres compañías del batallón Áncash, alegando maltratos de su comandante Osorio, se alzaron en armas.

Como a los fugitivos la guardia boliviana del Desaguadero los dejó pasar, se concibió la sospecha de que la sublevación había sido fraguada en La Paz.

[27]​ Castilla llegó al Cuzco el 13 de febrero y se reunió con San Román, marchando hacia Arequipa.

Ello fue aprovechado por Vivanco, que atacó por sorpresa a Castilla y obtuvo la victoria (25 de marzo).

Mestizo de clase media pobre, tenía una gran afinidad con lo popular y los nuevos grupos sociales que emergían en un país recientemente emancipado.

El gobierno cedió un local que había pertenecido al Estanco de Tabaco en la calle Chacarilla.

Posteriormente, al ampliar considerablemente su plan de estudios, se convertiría en un referente importante del sistema educativo peruano, teniendo influencia en la vida intelectual y política.

Representó al Perú en pequeño, ya que acogía a estudiantes de todos los ámbitos del territorio nacional.

[48]​ La Sociedad de Beneficencia, establecida hacía ya tiempo y a la cual se había dado un reglamento en 1836, recibió nuevo impulso.

Se otorgó a la compañía el privilegio exclusivo por 10 años para cubrir las rutas costeras del Perú.

Esta deuda quedaría pendiente y no se cancelaría sino hasta la época de Ramón Castilla.

Flores no solo aspiraba para el Ecuador los territorios peruanos de Jaén y Maynas, sino algunas porciones más al sur.

Por diversas cartas conservadas, se sabe que su plan mayor era promover una alianza entre Ecuador y Nueva Granada para atacar al Perú.

Esa había sido la mayor obsesión de su vida política, y no pararía hasta concretarla.

[67]​ Así estaban las cosas, cuando llegó la noticia de que el Perú se preparaba para invadir Bolivia.

Al principio, no tuvo mayores dificultades en su avance e incluso los mismos pobladores le proporcionaron víveres y recursos.

Se libró el combate de Mecapaca, acción en la que los peruanos pusieron en fuga a los bolivianos.

[71]​ Las negociaciones con los bolivianos fracasaron, debido a que Gamarra, obnubilado por su triunfo, quiso imponer exigencias exorbitantes para la firma de un armisticio.

La noche anterior a la batalla había llovido y se hizo muy difícil la disposición adecuada de las tropas peruanas.

La derrota peruana se consumó debido a diversas circunstancias, entre ellas: Así murió Gamarra, «el hombre que tanto había trabajado en contra de Bolivia.

[82]​ Ballivián ordenó la erección de una columna conmemorativa en Ingavi, en cuya base debía estar el cadáver del presidente peruano.

Fueron colocados en la Catedral de Lima para luego ser enterrados en un mausoleo del Cementerio Presbítero Maestro.