Cuando el Doctor es herido mortalmente, puede regenerar su cuerpo; al hacerlo cambian su apariencia física y su personalidad.

El Primer Doctor fue debilitándose progresivamente mientras luchaba contra los Cybermen durante los eventos de The Tenth Planet y eventualmente falleció, aparentemente por ancianidad.

El Doctor y Jamie se vieron después envueltos en una trama de los Daleks para obtener "los factores humanos y Dalek", lo que les llevó a conocer a Victoria Waterfield en el siglo XIX.

El Doctor usó la situación para orquestar una guerra civil Dalek que aparentemente destruyó a los Daleks para siempre.

Al Doctor se le unió entonces Zoe Heriot, una mujer del siglo XXI extremadamente inteligente (aunque demasiado dependiente de la lógica), que les ayudó a detener un ataque Cybermen en una estación espacial conocida como la Rueda.

Fue durante este tiempo que conoció por primera vez a Alistair Gordon Lethbridge-Stewart, en los túneles del metro de Londres.

Vivaz, inteligente, y siempre un paso por delante de sus enemigos, a veces podía ser un estratega calculador que no solo podía manipular a la gente por un bien mayor, sino también actuar como un torpe tonto para que otros subestimaran sus verdaderas habilidades.

A veces esto aparece simplemente como una broma, como en The Tomb of the Cybermen, donde termina los cálculos de los arqueólogos a sus espaldas, pero otras veces, esto se muestra con mucha más oscuridad.

En The Evil of the Daleks, manipuló fríamente a Jamie para intentar rescatar a Victoria (activando así los tests de Factor Humano), y se mostró antipático con Edward Waterfield cuando este intentó disculparse por su colaboración con los Daleks.

También fue durante esta era que Doctor Who comenzó a recibir presiones por su contenido supuestamente violento y terrorífico.

Como con su predecesor, todos los episodios originales del Segundo Doctor fueron en blanco y negro.