La segunda fitna se originó tras la muerte del primer califa omeya Muawiya I en 680 y duró alrededor de doce años.

[1]​ Una vez fue elegido califa, sin embargo, nombró a su hijo Abd al-Málik heredero al califato.

Ibn al-Zubayr fue aislado en las regiones de Tihamah e Hiyaz, donde los jariyíes establecieron un Estado independiente en Arabia central en 684.

[9]​ El califa deseaba aclarar la sucesión antes de morir y designar heredero a su hijo Yazid.

[15]​ La primera guerra civil no había aclarado a quién correspondía la jefatura de la comunidad musulmana y las disensiones resurgieron tras morir Muawiya en abril del 680, tras fungir como califa por casi veinte años.

Sí lo hizo Huseín que, sin embargo, se negó a jurar lealtad en la reunión privada, exigiendo hacerlo públicamente.

Finalmente Huseín partió hacia La Meca pocos días después, sin haber jurado lealtad a Yazid.

Este aplastó el conato de rebelión por orden del califa y ajustició a Ibn Aqil.

[24]​ Huseín fue rápidamente transformado en mártir por los musulmanes que buscaban dirección política y religiosa de la familia del Profeta, es decir, los primeros chiíes.

[26]​ Yazid trató primero de atraérselo enviándole regalos y delegaciones para que intentasen pactar con él.

Los dos bandos entablaron negociaciones que fracasaron; a continuación los rebeldes fueron vencidos en la batalla de al-Harra y las tropas califales saquearon Medina durante tres días.

Al poco Egipto reconoció su autoridad, seguido por Irak, a cuyo gobernador omeya, Ibn Ziyad, lo expulsó la nobleza tribal (ashraf).

[30]​[33]​ Muawiya II fue nombrado califa al morir su padre, Yazid, pero solo reconocían su autoridad algunas zonas del Levante.

[34]​ Además, falleció pocos meses después sin dejar un heredero de la familia, sufianí,[nota 2]​ que pudiese asumir el cargo califal.

Muchos omeyas, entre ellos el principal en aquel momento, Marwán ibn al-Hakam, también eran partidarios de reconocer la autoridad del califa arábigo.

[39]​ Así, una reunión de las tribus filoomeyas reunida en Gabita —territorio kalbí— en junio del 684 proclamó califa a Marwán.

[40]​ Más o menos en la época en la que falleció el califa Yazid, estalló en Zabulistán —región oriental dependiente de la provincia de Sistán— la rebelión del Zunbil, que apresó a Abú Ubaida, hermano del gobernador Yazid ibn Ziyad.

Partió en el verano del 684, tras nombrar para ocupar su antiguo cargo a Abdalá ibn Jazim al-Sulami, mudarí.

Estos rehusaban reconocer la autoridad de Ibn al-Zubayr debido al odio que tenían por el gobernador mudarí, que, pese a todo, logró someterlos finalmente, aunque entonces estalló un nuevo levantamiento, esta vez de unos antiguos aliados del gobernador, los Banu Tamim.

[59]​ Cuatro mil de los dieciséis mil hombres que se unieron al movimiento fueron llamados para formar un ejército que partió a enfrentarse a los omeyas en noviembre del 684, tras dedicar un día al luto por la muerte de Huseín ante su tumba en Kerbala.

El ejército omeya resultó vencido en la batalla de Jazir en agosto del 686 e Ibn Ziyad pereció.

[69]​ Ibn Ziyad había marchado a reconquistar Irak tras el advenimiento al trono califal de Marwán en junio del 684.

[71]​ El fallecimiento de Ibn Ziyad hizo que Abd al-Malik abandonase los planes de recuperar Irak durante varios años y se centrase en afianzar su poder en el Levante,[72]​ pues las disensiones en la región y la nueva guerra con los bizantinos lo hacían peligrar.

[75]​ Abd al-Malik retomó las operaciones en Irak finalmente tras firmar una tregua con los bizantinos y aplastar la oposición en el Levante.

Los jariyíes habían reanudado las incursiones en Arabia, Irak y Persia tras la desaparición de la autoridad central debida a la guerra civil.

[82]​ La victoria de Abd al-Malik restableció la autoridad omeya y afianzó el carácter hereditario del título califal.

[84]​ Había organizado un ejército levantino bien adiestrado, que solamente empleó contra los bizantinos; en los territorios musulmanes la diplomacia le bastó para imponerse.

[86]​ Las provincias conservaban gran parte de los impuestos recaudados en ella y enviaban una fracción reducida al califa.

[90]​ Asimismo, se hizo del árabe el idioma oficial de la Administración y se implantó una divisa islámica única que sustituyó a las monedas bizantinas y sasánidas en circulación,[91]​ lo que acentuó el carácter musulmán del gobierno omeya.

[108]​ Al-Thaqafi le dio el título a Muhammad ibn al-Hanafiya, hijo de Alí (aunque no por Fátima).