Puesto que una doble hélice está formada por dos hebras pares de nucleótidos que corren en direcciones opuestas en el sentido de 5' a 3' y los nucleótidos par siempre de la misma manera (adenina (A) con timina (T) para el ADN, con uracilo (U) por ARN; Citosina (C) con guanina (G)), una secuencia de nucleótidos (monocatenario) se dice que es un palíndromo si es igual a su complemento inversa.Por ejemplo, la secuencia de ADN ACCTAGGT es palindrómica porque su complemento del nucleótido-por-nucleótido es TGGATCCA, e invirtiendo el orden de los nucleótidos en el complemento da la secuencia original.Han sido investigado especialmente en los cromosomas bacterianos y en los llamados «elementos mosaico dispersos bacterianos» (BIMEs, del inglés Bacterial Interspersed Mosaic Elements), dispersas sobre ellos.Si el filamento de la DNA se volca, las secuencias son exactamente iguales (5' GAATTC-3' y 3'-CTTAAG-5').[cita requerida] Estos son los sitios donde un grupo metilo puede acoplarse a la secuencia palindrómica.
Palíndromo de estructura ADN A: Palíndromo, B: Bucle, C: Raíz.
