El presidente Óscar Berger el AG 150-2005 fue reformado su artículo 3 respecto a las funciones de estas, también su reglamento interno fue modificado por el AG 304-2005 dejándola como rectora en el tema agrario.
[2] El 31 de julio de 2020 el presidente Alejandro Giammattei por medio del AG 97-2020 derogó todos los acuerdos gubernativos anteriores debido a que por ley todas las secretarías del organismo ejecutivo debían crearse con decretos legislativos.
b) Asesoría al Presidente de la República sobre el tema agrario.
d) Realizar en forma permanente las investigaciones de la problemática agraria del país.
e) Promover el establecimiento de un nuevo ordenamiento legal agrario.