La Secretaría General de Innovación (SGInn) de España es el órgano directivo del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, adscrito a la Secretaría de Estado de Ciencia, Innovación y Universidades, que se encarga de dirigir las competencias atribuidas al Departamento en materia de innovación.

[1]​ Asimismo, es el órgano directivo del Ministerio de Ciencia responsable de la dirección estratégica del Centro para el Desarrollo Tecnológico y la Innovación (CDTI) y de la coordinación estratégica de la Agencia Espacial Española, esta última en coordinación con el Ministerio de Defensa.

[2]​ Asimismo, se le asignó una Dirección General de Transferencia de Tecnología y Desarrollo Empresarial[2]​ y un Gabinete Técnico.

[5]​ Casi ocho años más tarde, en enero de 2020, se recuperó el órgano directivo, con un gabinete técnico y dos subdirecciones: la Subdirección General de Fomento de la Innovación de la anterior Dirección General de Investigación, Desarrollo e Innovación y una nueva Subdirección General de Coordinación de la Innovación.

En cambio, recibió todas aquellas relacionadas con el sector aeroespacial, pasando a supervisar el PERTE Aeroespacial —tras la supresión del Comisionado para el PERTE Aeroespacial— y supervisando desde entonces la actividad de la Agencia Espacial Española, que se adscribía al Ministerio a través de este órgano directivo.