La secologanina es un monoterpeno sintetizado a partir de pirofosfato de geranilo en la vía del mevalonato.
Posteriormente la secologanina procede a unirse con dopamina para formar alcaloides de ipecacuana o con triptamina para formar alcaloides terpénicos de indol.
La formación de secologanina comienza cuando el GPP se cicla para formar ya sea 7 desoxiloganato o 7-desoxiloganina por medio de algunas enzimas actualmente no caracterizados.
Finalmente loganato y loganina pueden experimentar reacciones enzimáticas para formar secologanato y secologanina.
Existe otra enzima que haciendo uso de S-metil adenosina puede convertir al secologanato en secologanina.