Realizó retratos, paisajes, temas religiosos y también produjo grabados con la técnica del aguafuerte.
En este período Bourdon comenzó a desarrollar un estilo más personal y definido.
Realizó numerosos retratos, entre ellos la conocida obra Cristina de Suecia a caballo, la cual fue regalada por la reina sueca al rey Felipe IV de España en agradecimiento por el apoyo que le brindó cuando abdicó.
Por suerte, sus composiciones se conocen bien por las copias grabadas que realizó el mismo Bourdon.
En 1663 regresó a París, donde seguiría trabajando en importantes obras hasta cuando su salud se deterioró.
Una Sagrada Familia de su última etapa se exhibe en el vecino Museo Thyssen-Bornemisza.