En 2003 emigró a Plaza Colonia, de la máxima categoría del fútbol uruguayo, donde disputó 23 encuentros, sin convertir goles.
En la campaña siguiente, la 2009-2010, Sebastián Martínez Aguirre disputó 16 partidos con el equipo el "Tomba" y convirtió su primer tanto en el fútbol argentino.
En la temporada 2012-2013, ya en Primera División con el "Cervecero", Martínez Aguirre jugó 14 encuentros y no convirtió ningún gol.
En procura de la continuidad no obtenida en "La Lepra", Martínez Aguirre emigra en el segundo semestre del año 2015 a Atlético Rafaela, para ese entonces en Primera División, donde disputó siete cotejos.
[2] La próxima temporada 2017-2018, ya con el "Bicho" en la Superliga del fútbol, el uruguayo Sebastián Martínez Aguirre jugó sólo tres partidos y no convirtió goles.