Según Scamozzi, la arquitectura -disciplina a la que dedicó toda su vida- debía ser una ciencia exacta, compleja, con reglas propias que se debían estudiar con atención y paciencia.Su actividad tardía vuelve a estar en Venecia, donde se establece nuevamente en 1580, en Castelfranco Veneto y en Bérgamo.Scamozzi representó, en muchos aspectos, una figura moderna como arquitecto, estudioso e intelectual de su tiempo.La obra maestra de Scamozzi es sin duda la Villa Pisani, en Lonigo, Vicenza, llamada "La Rocca".En esta obra no se limitó a imitar la célebre Villa Capra del gran Palladio (en esa época todavía en construcción), sino que utilizó una tipología inédita, con inspiración directa del Panteón de Roma.
