Su segunda novela, Afinidad (Affinity, 1999), obtuvo el premio Stonewall Book; la acción se desarrolla dentro de una prisión de mujeres en Londres en época victoriana y retoma los temas con que la autora está más a gusto (amor, traición, corrupción, maquiavelismo y suspense) añadiendo un toque de espiritismo.

Su tercera novela, Falsa identidad (Fingersmith, 2002) le ha reportado su consagración.

La BBC I la ha adaptado en 2005, con las actrices Elaine Cassidy, Sally Hawkins e Imelda Staunton.

Más recientemente, el director surcoreano Chan-Wook Park ha realizado una nueva adaptación de la novela en la película La doncella (2016).

En Ronda nocturna (The Night Watch, 2006), obra aparecida en 2006, los personajes (cuatro mujeres, de las cuales tres son lesbianas, y un hombre homosexual) comparten secretos y escándalos en el Londres de los años 40'.