De ideas conservadoras, Duque de Estrada se alió con Marcelino Margalli y juntos encabezaron a los conservadores tabasqueños, enfrascándose en rencillas y pleitos con el ala liberal tabasqueña encabezada por Agustín Ruiz de la Peña, contando con un importante peso político hasta 1829 cuando los liberales retomaron el poder en el estado.

[2]​ Desde el Congreso, Duque de Estrada encabezando el ala conservadora, se opuso y fustigó al gobernador Ruiz de la Peña al grado que este tuvo que retirarse a Cunduacán donde pretendió gobernar, sin embargo los Diputados lo acusaron de atentar contra el Congreso y dispusieron su arresto y destitución.

[5]​ Pese a ser derrocados del gobierno, los conservadores no se dieron por vencidos, y Santiago Duque de Estrada acudió al gobernador y comandante centralista de Yucatán José Segundo Carvajal solicitándole ayuda para reinstaurar el centralismo en Tabasco.

[6]​ En 1835, el Presidente Antonio López de Santa Anna, promulgó las llamadas Siete Leyes las que instauraban la República Centralista, por lo que los estados perían su autonomía y pasaban a ser Departamentos, siendo nombrados los gobernadores directamente por el Presidente de la República, propiciando alzamientos y protestas en diversas regiones del país.

[7]​ La segunda ocasión en que Duque de Estrada ocupó la gubernatura del estado en forma interina, fue en agosto de 1836, cuando el entonces gobernador interino Eduardo Correa dejó temporalmente el cargo.