Con la llegada de estos nuevos residentes, se fundó el núcleo que conocemos hoy.

[4]​ Los romanos construyeron una torre vigía para guardar la calzada que iba de Guadix a Urci (Pechina).

Durante el periodo de al-Ándalus, Idrisi, geógrafo del siglo XII, nos habla que el Castillo de Mondújar estaba en una colina cerca del río, quizás fuera la antigua fortaleza romana que utilizaron también los árabes.

Tras la guerra y expulsión de los moriscos se llevó a cabo la repoblación en el 1573.

La repoblación se hizo con 42 pobladores procedentes del Reino de Jaén, Valencia, Navarra, Lugo y un italiano que llegaron a Santa Fe.

En el 1911 se inaugura el primer tren eléctrico de España, con carácter experimental, entre Santa Fe y Gérgal.

[8]​ Su descripción heráldica es la siguiente: La enseña del municipio tiene la siguiente descripción: Existe un colegio rural en Santa Fe de Mondújar, el CPR Azahar, compartido con los municipios de Alboloduy, Bentarique y Terque.

[9]​ El municipio cuenta con un consultorio, dependiente del Complejo Hospitalario Torrecárdenas, abierto de lunes a viernes.