[2]​ En 1701 los padres Juan Bautista Zea y Francisco Hervas, reunieron a los habitantes de San Rafael y Santa Rosa en un solo pueblo, estableciendo definitivamente la misión de San Rafael con los habitantes de ambas poblaciones, 40 leguas más al occidente.

Los principales cultivos en San Rafael son los de café, fréjol, maíz, yuca, plátano, arroz y cítricos.

En San Rafael trabajan grandes empresas madereras aprovechando sus ricos recursos forestales, con una parte de la madera siendo transformada en muebles en las carpinterías locales.

Desde Santa Cruz, la carretera nacional pavimentada Ruta 4 conduce 57 kilómetros al norte vía Warnes hasta llegar a Montero.

Aquí se encuentra con la Ruta 10, que se dirige hacia el este durante 279 kilómetros y atraviesa las localidades de San Ramón, San Javier y Santa Rosa de la Roca como vía pavimentada.