La topografía del municipio se caracteriza por presentar estrechos valles con terrazas aluviales, colinas y serranías.

El municipio tiene como principal actividad la pecuaria, con la cría de ganado bovino, equino y porcino, mientras que en la agricultura la producción es generalmente para el consumo familiar como el maíz, plátano, naranja, grey, mandarina, acerola, ciruelo, chirimoya, caña de azúcar, algunas plantaciones de piña, sandía, joco o zapallo, maní, yuca, camote y arroz.

Los productos que sí se producen en cantidades comerciales en el municipio son el café y fréjol.

[2]​ Los muebles fabricados en San Miguel son comercializados principalmente en la ciudad de Santa Cruz y fue declarada capital del tallado en el año 2017.

Entre las serpientes más comunes están la yope (serpiente altamente venenosa) la coral, la cascabel, etc. Entre los peces se encuentran el ventón, el bagre, el sábalo, el cupacá, la anguila, etc. [cita requerida].