Allí fue acogido por el obispo Valentín Zubizarreta, que le encargó diversas misiones rurales.

En ellas le acompañó un joven sacerdote español, Enrique Pérez Serantes (más tarde figura capital del episcopado cubano por haber salvado la vida a Fidel Castro en 1953 y por su posterior relación con la revolución) en el que influyó sobremanera.

Al ser exhumado en 1950 se encontró su cadáver incorrupto[3]​ y fue conducido a la Catedral de esa ciudad.

[4]​ Fue beatificado en 1995 por el papa Juan Pablo II, en sus imágenes figura con vestimenta e insignias episcopales.

Rafael Guízar, junto a otros tres beatos, fueron elevados al Honor de los Altares.

El milagro por el cual fue canonizado Rafael Guízar y Valencia ocurrió en el año 2002, después de que a la señora Valentina Santiago se le detectó, a través de un ultrasonido obstétrico, una malformación en su embarazo.

Dos meses después, el niño Rafael de Jesús Barroso nació sano y sin ninguna complicación.

Durante la ceremonia litúrgica, 10 peregrinos mexicanos recibieron la comunión de manos del papa Benedicto XVI.

En la canonización también estuvieron presentes algunos obispos mexicanos, entre ellos los cardenales Norberto Rivera Carrera y Juan Sandoval Iñiguez.