Su primer nombre se debe a la Purísima Concepción, también conocida como la Inmaculada Concepción de la Virgen María, luego se le dio el nombre de San Juan en honor a San Juan Evangelista, Apóstol de Jesucristo Su vinculación con Payara le fue dada por el río homónimo en cuya margen fue inicialmente establecida.
En el templo subió el agua una vara cuando ya estaban construidas las paredes y el techo listo hasta la mitad.
En 1771, el padre Buenaventura de Benaocaz, contó que el río Payara nuevamente creció e inundó el pueblo y sus habitantes se disolvieron.
Al día siguiente el obispo Mariano Martí, salió de Payara con rumbo a Cunaviche.
San Juan de Payara está ubicado en la parte noreste del estado, al norte del río Apure Seco (Apurito), aproximadamente a 26 kilómetros al suroeste de San Fernando de Apure, la capital del estado.
En esta población al igual que en todas las del estado, existen referencias a sitios de gran interés histórico o popular.
En esta plaza fue donde se conocieron el Libertador y Negro Primero.
En ella hacia el año 1818, se casaron Pedro Camejo, Negro Primero y Juana Andrea Solórzano.
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