Este territorio fue antiguamente un poblamiento indígena, que se remonta a tiempos prehispánicos.
No hubo en este distrito una unidad ni una organización comunitaria que permitese una explotación a fondo de los recursos naturales.
No se conoce con precisión cuándo llegaron los conquistadores españoles a estas tierras.
Actualmente, San Francisco es todavía un pequeño municipio enclavado entre la topografía quebrada del oriente antioqueño.
San Francisco tiene bajo su jurisdicción el siguiente corregimiento: Población Total: 5 648 hab.