El título cardenalicio de San Apolinar en las Termas Neronianas-Alejandrinas fue creado por el papa Pío XI el 26 de mayo de 1929 en la constitución apostólica Recenti conventione,[1]​ en la que suprimía al mismo tiempo el Titulus de Santa María de los Mártires que era transferido a San Apolinar en base al artículo 15º de los Pactos de Letrán.

Anteriormente existió el título cardenalicio presbiteral de San Apolinar establecido por el papa León X el 6 de julio de 1517, cuando aumentó el número de cardenales en el consistorio del 1 de julio de 1517.

Fue suprimido por el papa Sixto V el 13 de abril de 1587 con la constitución apostólica Religiosa.