Un posible significado de Tequendama, en lengua muysccubun, puede ser "el que precipitó hacia abajo".

Sanctus es una modificación del vocablo sak que genera los sentidos de “honrar, reverenciar, respetar, estimar, venerar, glorificar, hacer inviolable algo por un acto religioso, establecer de una manera inmutable, ordenar, decretar, sancionar”.

Tequendama posiblemente pertenece a la lengua general Muisca y presenta los vocablos te-teib-tei "boquerón, grieta, apertura en la tierra de forma alargada y redondeada como una boca", qui-quie-ki-kie "madero, árbol, bosque", n "en, de", da-ta "dominio, labranza", ma "tuyo, suyo".

El nombre del municipio hace relación a San Antonio de Padua, teólogo, predicador y monje portugués.

El sector rural de San Antonio del Tequendama está integrado por las siguientes veredas: Arracachal, Caicedo, Chicaque, Quintas Colombia, Cubsio, El Cajón, La María, La Rambla, La Rápida, Laguna Grande, Las Angustias, Nápoles, Patio de Bolas, Ponchos, Quebrada Grande, San Isidro, San José, Santa Fe, Santivar, Vancouver y Zaragoza.