[2] Samaipata se ubica en lo que se considera la frontera del imperio inca con los pueblos de las tierras bajas de Bolivia, con los que a menudo estaban en guerra.
Se encuentra ubicada en las primeras estribaciones andinas, a 1.670 metros de altitud sobre el nivel del mar.
El clima es templado húmedo en la parte noreste, frío y seco al sudoeste con una temperatura promedio anual de 20.5 °C.
Los principales ríos que pasan por su territorio son el Paredones, Barrio Arriba, Quebrada, El Fuerte, El Millar, El Cedral y Floripondio.
También se cultivan fréjol, poroto, papa, tabaco, caña, maní, locoto, arvejas, trigo, zanahoria, naranja, durazno y uva.
Samaipata se ha convertido en un importante centro turístico a nivel nacional, tanto por su clima subtropical templado como también por sus principales atractivos turísticos como lo son el Parque Nacional Amboró y el Fuerte de Samaipata,[10] que es Patrimonio de la Humanidad desde 1998.
Presenta rangos de altitudes que van desde los 300 hasta los 3.200 metros sobre el nivel del mar.
La enorme roca esculpida de El Fuerte es el más grande petroglifo terrestre del mundo.