Tres años después se trasladó a Madrid, donde terminó sus estudios universitarios, y continuó trabajando en la Universidad como ayudante de Recasens Siches, junto con Manuel García Pelayo.

Pero pronto decide volver a la labor intelectual, que no había abandonado del todo, pues en 1941 publicó distintos artículos e impartió clases en cursos del Instituto de Estudios Políticos.

Ese mismo año obtuvo la cátedra de Filosofía del Derecho.

[7]​ Durante la Guerra Civil se incorporó como enlace a Falange Clandestina, un grupo de la Quinta Columna franquista liderado en Madrid por Manuel Valdés Larrañaga y José María Alfaro Polanco.

Al mismo tiempo mantuvo buenas relaciones con intelectuales como Julián Marias,[9]​ José Antonio Maravall[10]​ o Enrique Tierno Galván.

[11]​ Salvador Lissarrague ha sido considerado como el más caracterizado representante de la falange orteguiana,[12]​ y en los últimos años de su vida publicó diversos artículos en la revista Cuadernos para el Diálogo.

También es cierto que su seguidismo orteguiano tampoco era bien visto por los más ortodoxos del régimen.