Cuando muere su padre, siguió los cursos de Talmud del rabino Jacob Joseph Oettinger.Dado que los judíos no podían en esa época acceder a posiciones de la función pública en Prusia, Munk abandonó la universidad sin haber obtenido diploma alguno, y pasó un semestre en la Universidad de Bonn, donde estudió árabe con Georg Wilhelm Friedrich Freytag y sánscrito con Christian Lassen.En 1828 llegó a París con la ayuda del joven poeta Michael Beer, el hermano de Meyerbeer.En paralelo, se consagró al estudio de Aristóteles, autor a quien Maimónides cita constantemente en su obra.Realizó otros trabajos, como una nueva traducción de la Biblia, demostró la identidad del filósofo Avicebrón con Salomon ibn Gabirol.En 1840, el padre Thomas, jesuita, y su valet musulmán Ibrahim desaparecieron en un barrio de Damasco.A su retorno, Munk fue elegido como secretario del Consistorio central israelita de Francia.
