Nacido en una familia distinguida, estudió en el Collegio Romano y fue destinado al Japón.
De Ursis se dedicó, entonces, a traducir obras europeas sobre astronomía y máquinas hidráulicas, ayudado por los letrados convertidos Xu Guangqi and Li Zhizao.
Estos dos últimos sufrieron castigos corporales y fueron enviados a la ciudad sureña de Cantón, en la que fueron encarcelados.
El edicto del emperador fue más benévolo con Pantoja y de Ursis, debido al aprecio que se les tenía por sus conocimientos técnicos, y se les dejó viajar libremente al sur, hasta Macao la colonia portuguesa desde la que habían entrado en China.
Según algunas fuentes, los cuatro jesuitas pasaron allí siete meses encarcelados hasta que fueron definitivamente expulsados a Macao.