[2]​ El síndrome de Knobloch está causado por mutaciones en un gen heredado con un patrón autosómico recesivo.

Estas mutaciones han sido encontradas en el gen COL18Un1, el cual ordena la formación de una proteína que construye colágeno XVIII.

[5]​ Los genes que causan los tipos II y III todavía no se han identificado.

Los padres de un individuo con una patología autosómica recesiva poseen una copia del gen mutado cada uno.

[9]​ Dadas las afecciones oculares en el Síndrome de Knobloch, que incluyen la degeneración vitreorretiniana con desprendimiento de retina y anomalías maculares, las cuales son severas y progresivas; por lo que por lo general llevan a una ceguera bilateral a una edad temprana.