[3] En 1464 el rey Enrique IV de Castilla le envió a Roma, junto con Antonio Jacobo de Véneris, Rodrigo Sánchez de Arévalo, Juan de Medina y Suero de Solís, como embajador ante el papa Pío II.
[2] Allí residía todavía, desempeñando el puesto de protonotario apostólico, cuando en 1468 Paulo II le nombró administrador perpetuo de la iglesia de Tuy, aunque deseando el papa que permaneciese en la Curia romana, Vergara presidió la diócesis mediante su provisor y vicario Juan de Uzarraga.
[4] [5] En 1470 regresó a España, promovido al obispado de León.
[6] [7] En el año 1478, enemistado con el tesorero de su iglesia Fernando Cabeza de Vaca por motivos que se desconocen, le invitó a comer pretextando buscar la reconciliación y mandó a sus criados matarle; temiendo las represalias, buscó refugio en casa del conde de Luna, donde los parientes del finado le alcanzaron y asesinaron en presencia de la condesa Juana Enríquez, saqueando e incendiando después las casas episcopales.
[8] [9] Ambos, obispo y tesorero, fueron sepultados en la catedral de León.