En su zona boliviana/brasileña se encuentra la Isla Suárez, en disputa entre estos países.
Sus principales afluentes son el Iténez o Guaporé que desemboca en este en las coordenadas 11°56′7″S 65°1′35″O / -11.93528, -65.02639 y es desde este punto que pasa a ser un río internacional al ser frontera natural de 265 kilómetros entre los dos países hasta confluir con el río Beni en las coordenadas 10°23′15″S 65°23′30″O / -10.38750, -65.39167 para así formar el río Madeira uno de los principales afluentes del río Amazonas.
El río Mamoré tiene una longitud real de 1319 kilómetros desde su nacimiento hasta la confluencia con el río Beni, pero al ser un río meándrico se le suma otros 681 kilómetros hasta su hacer un total de 2000 kilómetros que es lo que aparece en todos los datos relacionados con la longitud de este.
Longitud recorrida por país: Es la principal vía de navegación de Bolivia ya que desde el Puerto Villarroel (Río Ichilo) hasta Guayaramerín unos 1507 kilómetros son navegables todo el año.
En su recorrido forma muchas islas la más importante de ellas llamada Isla Suárez, disputada entre los dos países.