En este tramo recibe los ríos Monegrillo, Piedra con el Mesa y Manubles hasta Ateca donde vuelve a abrirse el valle.
En la depresión tectónica de Calatayud, y a favor de los yesos, amplía su valle y elabora un bonito escarpe en su margen izquierda.
Ya entrado en la depresión del Ebro, recibe las aguas del Aranda, el Mediano (el menos caudaloso porque está muy contaminado; en invierno suele tener poca agua y en verano está seco por completo), el Grío (en el que se encuentra en construcción el embalse de Mularroya, que obtendrá las aguas mediante un trasvase del propio río Jalón) y el Alpartir, dirigiéndose hacia Torres de Berrellén, donde termina desembocando en el Ebro.
[1] Por otra parte, no se puede descartar una etimología semítica: en hebreo, "jalón" significa ventana.
[cita requerida] 2.Mark Aguirre, Viaje a la Arabia profunda en tiempos turbulentos, 2006, pag 77, ed El viejo topo